Related Posts Plugin for WordPress, Blogger...
 
Minggu, 15 Januari 2012

Visualisasi Makromolekul dengan VMD

0 komentar
Untuk mempelajari struktur dan fungsi makromolekul, sangat diperlukan visualisasi struktur tiga dimensi yang baik. Salah satu perangkat lunak visualisasi struktur tiga dimensi makromolekul yang "powerful" adalah VMD (Visual Molecular Dynamics). Berikut ini adalah tutorial singkat untuk memvisualisasikan molekul kompleks vanadat dengan PTPase (id PDB: 1Z12).


Memulai ProgramKlik: Windows/Start > All Programs > University of Illionis > VMD
Akan muncul tiga windows seperti di bawah ini:
Tiga buah window VMD ketika program mulai dijalankan
Tiga buah window akan muncul ketika program VMD dijalankan. 1) VMD Main: merupakan window utama program VMD, terdapat berbagai menu untuk visualisasi dan manipulasi file PDB. 2) OpenGL Display: visualisasi molekul, disini kita dapat mengubah sudut maupun mengatur zoom dengan menggunakan mouse. 3) Command Prompt: melihat proses yang dilakukan program secara text-base, dapat juga digunakan untuk menjalankan perintah.

Membuka File PDB
Pada VMD Main,
Klik: File > New Molecule
akan muncul file browser seperti gambar di bawah ini:
VMD Molecule File Browser
  1. Klik Browse... untuk membuka file. Akan muncul windows explorer untuk mencari file PDB. Pilih pilih file PDB anda pada direktori tempat anda menyimpan.
  2. Klik Load untuk membuka file PDB anda.
  3. Apabila komputer anda terhubung dengan jaringan internet, cukup ketik ID PDB pada kolom Filename: , VMD akan secara otomatis mendownload PDB dari rcsb.org dan menyimpannya folder temporary. Kemudian tekan Load untuk membuka file tersebut.
Setelah file berhasil dibuka, akan muncul gambar pada OpenGL display:
Visualisasi 1Z12 dengan representasi lines


Leave a Reply

 
Majalah Kimia © 2011 DheTemplate.com & Main Blogger. Supported by Makeityourring Diamond Engagement Rings

You can add link or short description here