Related Posts Plugin for WordPress, Blogger...
 
Sabtu, 14 Januari 2012

Format File PDB

0 komentar
Visualisasi Protein Tyrosine Kinase (3PS5) dengan VMD
Pendahuluan
Format file PDB (Protein Data Bank) merupakan suatau format file berbasis teks yang digunakan untuk menjelaskan struktur tiga dimensi protein yang terdapat dalam Bank Data Protein (Protein Data Bank). Protein Data Bank merupakan suatu proyek pendataan makromolekul biokimia (seperti protein dan asam nukleat) yang dikembangkan oleh RCSB (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics, situs resmi). File dengan format PDB sendiri memiliki fungsi untuk mempelajarai struktur tiga dimensi protein, serta dapat juga digunakan sebagai input untuk simulasi dinamika molekul. Format file ini memiliki ekstensi (.pdb) dan dapat divisualisasikan dengan berbagai perangkat lunak yang sudah dikembangkan, diantaranya adalah VMD.

Struktur File PDB
File PDB dapat menjelaskan protein yang mengandung ratusan bahkan ribuan atom. Dibawah ini merupakan salah satu gambaran isi dari file PDB dengan id 1MBS (peptida seperti kolagen).
Struktur File PDB
Keterangan Struktur (setiap baris)
  • HEADER, TITLE, dan AUTHORS
    Baris-baris tersebut memberikan informasi mengenai peneliti yang mendeskripsikan struktur.
  • EXPDTA
    Menjelaskan dengan metode apa struktur makromolekul tersebut ditentukan, pada gambar diatas, metode untuk mendapatkan struktur adalah dengan difraksi sinar-x.
  • REMARK
    Baris ini merupakan tempat catatan khusus, tetapi dapat juga digunakan untuk informasi standar. Pada contoh diatas dapat dilihat REMARK 350 BIOMT yang digunakan untuk menjelaska bagaimana cara menghitung koordinat dari nilai yang didapatkan dari hasil observasi yang berupa multimer.
  • SEQRES
    Baris ini memberikan informasi mengenai urutan rantai peptida. Dari contoh diatas dapat dilihat bahwa struktur makromolekul dibagi menjadi tiga buag peptida (A, B, dan C). Masing-masing peptida tersebut dijelaskan struktur primernya menggunakan baris SEQRES.
  • ATOM
    Baris ini menjelaskan koordinat tiga dimensi atom-atom pembentuk struktur makromolekul. Koordinat tiga dimensi yang digunakan disini adalah koordinat kartesius (x, y, dan z) dengan satuan Angstrom. Tiga kolom berikutnya berturut-turut menjelaskan koefisien hunian, koefisien suhu, dan simbol atom.
  • HETATM
    Sama seperti baris 'ATOM', hanya saja atom disini bukan merupakan bagian dari atom penyusun protein atau makromolekul lainnya.

Program Visualisasi
Kita dapat melihat bentuk protein secara virtual dari file PDB dengan menggunakan program-program visualisasi protein. Selain melihat visualisasi, program-program tersebut dapat digunakan untuk memanipulasi serta mengubah format PDB ke dalam format lainya. Dibawah ini adalah beberapa program visualisasi yang banyak digunakan oleh para ilmuwan.
Chimera
Cn3D
Coot
Gabedit
Jmol
Molden
Molekel
PyMOL
RasMol
UGENE
Vislt
VMD
Yasara

Lihat Juga:
Kimia Komputasi
Bahasa Komputer dalam Pemodelan Kimia

Leave a Reply

 
Majalah Kimia © 2011 DheTemplate.com & Main Blogger. Supported by Makeityourring Diamond Engagement Rings

You can add link or short description here