Related Posts Plugin for WordPress, Blogger...
 
Sabtu, 17 Desember 2011

Bahasa Komputer dalam Pemodelan Kimia

0 komentar
Bahasa Komputer dalam Pemodelan Kimia

Ilmu kimia pada abad ke 20 sudah merambah pada pemahaman materi pada tingkat molekul. Telah diketahui juga bahwa struktur molekul sangat memperngaruhi sifat kimia suatu materi pada skala makroskopis. Hal ini ditunjang dengan perkembangan teknologi komputer yang kini sudah digunakan untuk memodelkan serta meramalkan sifat kimia. Bahasa komputer sudah banyak dikembangkan mulai dari tingkat pemograman serta pemformatan. Dalam bahasa pemformatan telah dikembangkan bahasa-bahasa kimia sesuai dengan lingkup dan tujuan pemodelan tersebut. Pada artikel ini akan dipaparkan sedikit mengenai bahasa-bahasa komputer untuk aplikasi kimia yang sudah dikembangkan dan digunakan secara luas saat ini.

The IUPAC International Chemical Identifier (InChI)
InChI merupakan suatu proyek yang dirintis oleh Organisasi Kimia Murni dan Terapan Internasional (International Union of Pure and Applied Chemistry) mulai pada tahun 2001. Tujuan dilakukannya proyek ini adalah untuk mendapatkan suatu pelabelan unik, yang dapat digunakan sebagai identifikasi bahan kimia yang dapat diolah secara elektronik menggunakan komputer. Harapannya adalah memudahkan para kimiawan untuk memperoleh informasi mengenai bahan kimia secara elektronik. Proyek ini berhasil diselesaikan pada tahun 2005 dengan diluncurkannya software InChi ver.1. Pada tahun 2009, IUPAC membuat website resmi yang memuat informasi pengembangan, forum, serta area download untuk program InChI yang diberi nama inchi-trust.org.

Untuk informasi lebih jelas mengenai InChI dapat dilihat halaman berikut ini:
http://www.inchi-trust.org

Chemical Markup Language (CML)
Chemical Markup Language atau sering disingkat CML merupakan opensource standar yang digunakan untuk merepresentasikan data bahan kimia. Pada awalnya bahasa CML dikembangkan oleh Peter Murray-Rust dan Henry Rzepa di Inggris pada tahun 1995. Sama halnya seperti HTML, MathML, dan LaTeX, bahasa CML merupakan proyek bahasa pemformatan yang berinduk pada document markup language, suatu proyek untuk mengembangkan processing teks ilmiah. Oleh karena itu bahasa ini lebih sering digunakan sebagai plugin dalam program text processing seperti Microsoft Word, OpenOffice, LaTeX, dan lain-lain.

Untuk informasi lebih jelas mengenai CML dapat dilihat halaman berikut ini:

Simplified molecular-input line-entry specification (SMILES)
Simplified molecular-input line-entry dalam Bahasa Indonesia diterjemahkan sebagai "baris penambahan input molekul yang disederhanakan". Untuk lebih memudahkan, kita gunakan istilah SMILES. SMILES merupakan notasi baris yang digunakan untuk menjelaskan struktur molekul kimia menggunakan simbol ASCII. Artinya dengan menggunakan keyboard komputer yang kita gunakan saat ini, kita dapat menggambarkan struktur kimia secara simbolik menggunakan notasi SMILES. Notasi SMILES dapat dibaca bahkan digenerate menggunakan kebanyakan perangkat lunak editor kimia. Notasi SMILES pertama kali dikembangkan oleh Arthur Weininger dan David Weininger dari New Mexico pada tahun 1980. Pada saat ini SMILES banyak dimodifikasi dan digunakan oleh para ilmuwan kimia di seluruh dunia. Kelebihan dari notasi SMILES ini adalah kita dapat menggambarkan struktur secara simbolik hanya dengan menggunakan keyboard pada komputer standar.

Untuk informasi lebih jelas mengenai SMILES dapat dilihat halaman berikut ini:
http://www.opensmiles.org

Notasi Baris SYBYL
Notasi Baris SYBYL atau dalam bahasa Inggris biasa disebut SYBYL Line Notation, SLN, merupakan notasi baris unik untuk menggambarkan struktur kimia menggunakan simbol ASCII. Berbeda dengan SMILES, pada SLN tidak akan terjadi ambigu dalam penentuan struktur kimia. Hal ini disebabkan karena bisa menggunakan prinsip stereokimia relatif, sehingga dapat digunakan untuk membedakan enansiomer suatu molekul. SLN selain dapat menggambarkan struktur kimia, dapat juga digunakan untuk menggambarkan reaksi kimia.

Untuk informasi lebih jelas mengenai SLN dapat dilihat halaman berikut ini:
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci960109j

Format file XYZ
XYZ merupakan bahasa paling general dalam menggambarkan struktur geometri suatu molekul. Dalam format ini, geometri molekul digambarkan dengan menggunakan koordinat kartesian. Dalam satu baris, terdapat secara berturut-turut simbol atom, serta tiga nilai yang menggambarkan posisi atom tersebut dalam koordinat kartesian. Satuan dalam menentukan koordinat kartesian pada format ini adalah  Ångstrom. Baris pertama dalam format ini digunakan untuk informasi jumlah atom dalam sistem. Baris kedua digunakan untuk menuliskan nama dari sistem. Baris ketiga dan seterusnya digunakan untuk mendeskripsikan masing-masing atom. Setiap baris pada baris deskripsi koordinat hanya dapat mendeskripsikan letak satu atom dalam koordinat kartesian.

Untuk informasi lebih jelas mengenai XYZ dapat dilihat halaman berikut ini:
http://openbabel.org/wiki/XYZ_%28format%29

Format file PDB
Format file PDB (Protein Data Bank) merupakan format file berbasis teks yang digunakan untuk menjelaskan struktur tiga dimensi molekul yang terdapat dalam Bank Data Protein (Protein Data Bank). Selain bisa menggambarkan struktur tiga dimensi makromolekul seperti protein, lemak, dan asam nukleat, PDB juga baik dalam menjelaskan strukur molekul kecil, seperti ligan pada protein dan pelarut. Dalam format PDB, perlakuan untuk atom yang sama dapat berbeda apabila atom tersebut berinteraksi dengan atom yang berbeda. Jadi karakteristik suatu atom sangat dipengaruhi oleh atom-atom lain yang berinteraksi dengan atom tersebut.

Informasi lebih jelas mengenai PDB dapat dilihat pada halaman berikut ini:
http://www.wwpdb.org/format/


Leave a Reply

 
Majalah Kimia © 2011 DheTemplate.com & Main Blogger. Supported by Makeityourring Diamond Engagement Rings

You can add link or short description here