Related Posts Plugin for WordPress, Blogger...
 
Senin, 30 Mei 2011

Installasi GAMESS U.S. pada Linux

0 komentar
GAMESS U.S.

  1. Source file Gamess U.S. dapat diunduh pada http://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/download.html dengan mengikuti beberapa prosedur dan persyaratan. File hasi unduhan tersebut akan bernama gamess-current.tar.gz
  2. Dengan menggunakan akun superuser, kita masuk pada direktori /usr/local/ dan salin file gamess-current.tar.gz pada direktori ini
    $ su
    # cd /usr/local
    # cp /{download dir}/gamess-current.tar.gz .
  3. Ekstrak file instalasi dengan command tar
    # tar xvzf gamess-current.tar.gz
    # chown -R root:root gamess
  4. Setelah itu akan muncul direktori gamess, lalu kita masuk ke dalam direktori tersebut
    # cd /usr/local/gamess
  5. Update masing-masing keempat skrip berikut : comp, compall, lked, runall
    # vi {script name}
    Ganti baris
    chdir /u1/mike/gamess
    menjadi
    chdir /usr/local/gamess
    dan (kecuali pada skrip runall)
    set TARGET=ibm64
    menjadi
    set TARGET=linux32 --->(atau sesuai dengan mesin yang anda gunakan)
  6. Update skrip berikut : rungms
    # vi rungms
    Ganti baris
    set SCR=/scr/$USER
    menjadi
    set SCR=/tmp
    dan
    setenv ERICFMT ~mike/gamess/ericfmt.dat
    setenv MCPPATH ~mike/gamess/mcpdata

    menjadi
    setenv ERICFMT /usr/local/gamess/ericfmt.dat
    setenv MCPPATH /usr/local/gamess/mcppath --->;(mcpdata harus diganti menjadi mcppath)
    serta pada gamess versi terbaru
    if ($os == Linux) set GMSPATH=/cu/mike/gamess
    menjadi
    if ($os == Linux) set GMSPATH=/usr/local/gamess
  7. Edit dan compile program aktivasi. (Disini kita akan menggunakan perintah sed untuk me-replace baris yang dimulai dengan "*UNX" dengan empat spasi. Jadi harus diperhatikan jumlah spasi diantara slash harus tepat empat).
    # cd usr/local/gamess/tools
    # sed "s/^*UNX/\ \ \ \ /g" actvte.code > actvte.f
    # gfortran -o actvte.x actvte.f
  8. Compile GAMESS
    # cd usr/local/gamess
    # /bin/csh
    # setenv PATH .:${PATH}

    Pada versi terbaru, pada tahap ini kita harus menjalankan skrip config
    # ./config
    Akan muncul pertanyaan-pertanyaan sebagai berikut:
    o    please enter your target machine name: linux32 --->(atau sesuai dengan tipe mesin anda)
    o    GAMESS directory? [usr/local/gamess] --->(tekan enter)
    o    Please enter your choice of FORTRAN: gfortran --->(atau sesuai dengan compiler yg anda punya)
    o    Enter your choice of 'mkl' or 'atlas' or 'acml' or 'none' : none
    (catatan : math library mkl, atlas, atau acml berfungsi untuk mempercepat perhitungan, jika sistem kita belum memilikinya, maka dapat diketik none. Apabila anda ingin menginstall math library terlebih dahulu, klik disini.)
    Setelah skrip config selesai, selanjutnya kita akan meng-compile GAMESS
    # ./compall > compall.log --->; (proses ini memakan waktu hingga 15 menit atau lebih)
  9. Compile ddikick
    # cd /usr/local/gamess/ddi
    Update skrip ddikick
    # vi compddi
    Edit baris berikut
    set TARGET=$GMS_TARGET
    menjadi
    set TARGET=linux32
    --->; (atau sesuai dengan tipe mesin anda)
    dan
    chdir $GMS_PATH/ddi
    menjadi
    chdir /usr/local/gamess/ddi
    # ./compddi > compddi.log
    Copy file ddikick.x pada direktori gamess
    # cp -p ddikick.x /usr/local/gamess/
  10. Link GAMESS
    # cd /usr/local/gamess
    # ./lked gamess 00 > lked.log
  11. Cek semua log file kompilasi dan linking
    # grep "cannot stat" compall.log
    # tail -n 20 ddi/compddi.log
    # more lked.log
  12. Copy file rungms pada direktori /usr/bin (agar kita dapat mengetikkan perintah rungms secara langsung)
    # cp rungms /usr/bin
    # exit
  13. Buat direktori scratch pada user home anda
    $ cd ~/
    $mkdir scr
Keterangan tambahan:
warna oranye = file skrip
cetak tebal = perintah Console
cetak miring = baris kalimat pada skrip
$ = user
# = superuser
    ---Selamat, GAMESS sudah terinstall pada mesin anda ^^v---
    ps : silahkan komentar jika terdapat ketidaksesuaian atau kesalahan

    Leave a Reply

     
    Majalah Kimia © 2011 DheTemplate.com & Main Blogger. Supported by Makeityourring Diamond Engagement Rings

    You can add link or short description here